Für die Aquakultur wurden verschiedene Haltungsmethoden entwickelt. Sie richten sich nach den Bedürfnissen des Marktes, der Produzenten und der Tiere. Man unterscheidet zwischen geschlossenen und offenen Systemen.
Geschlossene Systeme sind Kreislaufanlagen, in denen das Wasser aufbereitet und anschließend wieder in die Fischbecken geleitet wird. Meist stehen diese Systeme in Hallen, so dass sie sich unabhängig von Orts- und Wetterbedingungen sowie Jahreszeiten betreiben lassen. Unter offenen Systemen versteht man alle Haltungsarten, die im direkten Kontakt mit ihrer Umwelt stehen. Man findet sie häufig an Flüssen und Seen oder in geschützten Buchten und Fjorden mit einem ständigen Wasseraustausch.
In Schleswig-Holstein stehen derzeit vor allem drei Produktionsmethoden im Fokus: die „Integrierte multitrophische Aquakultur“ (IMTA) sowie die Teichwirtschaft von Karpfen und die Forellenteichwirtschaft. Sie werden als Ansatzpunkte für eine Verlagerung der Fischproduktion vom Ausland nach Deutschland und Schleswig-Holstein gesehen. Kreislaufanlagen werden in Schleswig-Holstein als zu kostenintensiv betrachtet, um wirtschaftlich zu sein. Trotzdem sieht der BUND hier das größte Potenzial. Nur in geschlossenen Systemen können alle Parameter kontrolliert und Umweltauswirkungen weitgehend vermieden werden.
Tierschutz
Fische werden meist als niedere Lebensformen angesehen, denen jede Empfindung abgesprochen wird. Forschungsergebnisse zeigen jedoch, dass Fische weiter entwickelt sind als bisher gedacht, was Gedächtnis, Lernfähigkeit oder Sozialverhalten angeht. Sie bevorzugen bestimmte Schwarm-nachbarn, kommunizieren miteinander und empfinden durchaus Angst, Schmerz und Stress. Doch da ständig neue Arten domestiziert werden, ist es der Verhaltensforschung in der Kürze der Zeit nicht möglich, rechtzeitig für die jeweilige Art wichtige Haltungskenntnisse zu erlangen. Deshalb leiden in Aquakulturen vor allem Fische unter den derzeitigen schlechten Bedingungen, die zu einer durchschnittlichen Mortalität von oft mehr als 20 Prozent führen.
Hohe Besatzdichten sind in der intensiven Aquakultur die Regel und übersteigen selbst für Schwarmfische ein erträgliches Maß. Dies wirkt sich auf die Tiere mehrfach negativ aus. Zum einen stehen sie unter starkem Stress, welcher die Immunabwehr schwächt und die Tiere anfälliger für Krankheiten macht. Durch die enge Haltung können sich Viren, Bakterien oder Parasiten schneller verbreiten als in Wildbeständen. Dies ist weltweit eines der größten Probleme der Aquakultur und führt nicht selten zum Tod ganzer Zuchtbestände. Bei einer Haltung der Fische auf engstem Raum ist ein natürliches Schwimmverhalten nicht möglich, die Futteraufnahme und –verwertung ist beeinträchtigt und folglich das Wachstum vermindert. Durch Reibung an Artgenossen oder Käfigen kommt es zu Verletzungen, zum Beispiel der Flossen.
Aufgrund dieser Gegebenheiten ist es nicht verwunderlich, wenn unter den Tieren, vor allem unter räuberischen Arten, verstärkt Aggressionen auftreten. Oft wird angeführt, eine hohe Besatzdichte sei nötig, um Aggressionen durch Territorialverhalten zu unterdrücken. Doch gerade solche Arten sind für Aquakulturen ungeeignet. Sie sollten überhaupt nicht auf engstem Raum gezüchtet werden, da selbst niedrige Besatzdichten noch ihrer Natur widersprechen. Der beengte Lebensraum in Zuchtanlagen stellt vor allem für wandernde Arten wie Lachs, Forelle, Aal oder Thunfisch eine starke Einschränkung ihrer natürlichen Bedürfnisse dar.
In der Fischzucht kann das sogenannte Handling, also die direkte Handhabung der Tiere, kaum vermieden werden. Dies löst bei den Tieren Stress aus, was auch am Level der Stresshormone nachweisbar ist und birgt für die Tiere eine Verletzungsgefahr. Die empfindliche Haut über den Schuppen kann leicht verletzt werden. Dies beeinträchtigt die Fortbewegungsfähigkeit der Tiere sowie die Regulierung des Salzhaushaltes und beeinträchtigt die wichtige Schutzbarriere gegen Infektionen und Chemikalien. Besonders kritisch ist die Entnahme von Geschlechtsprodukten für die Gewinnung von Satzfischen. Bei der Methode des Abstreifens wird mit starkem Druck über den Bauch gestreift. Andere Möglichkeiten sind die Injektion von Druckluft mit einer Nadel, das Töten der Elterntiere oder der Einsatz von Hormonen. Welche Methode auch immer angewandt wird, sie bedeutet für die Tiere erheblichen Stress.
Am Ende der Produktion steht letztendlich die Tötung der marktreifen Fische. Seit dem 01.01.2013 gilt eine neue EU-Verordnung (EG Nr. 1099/2009) über den Schutz von Tieren zum Zeitpunkt der Tötung. Diese schreibt vor, dass „die Tiere von jedem vermeidbaren Schmerz, Stress und Leiden verschont“ werden sollen, jedoch gibt es keine konkreten Vorschriften für Fische. Für die Umsetzung gilt in Deutschland die Tierschutz-Schlachtverordnung, nach der Tiere nur unter Betäubung und unter Vermeidung von Schmerzen getötet werden dürfen. Leider fehlen näher definierte Parameter wie bei der elektrischen Durchströmung empfohlene Stromstärken und Einwirkdauer.
Oft müssen die Tiere vor der Tötung drei Tage, manchmal sogar eine bis zwei Wochen hungern, um eine Entleerung ihres Verdauungstraktes zu erreichen. Vor der Tötung bleiben die Fische zudem Stunden bis Tage auf engstem Raum (bis zu 250kg/m3) zusammengedrängt, ohne jede Möglichkeit sich fortzubewegen. Dies bedeutet für die Tiere endlose Qualen bis zur Erlösung.